1、形态特征不同
淡水黄花鱼体延长，侧扁，体侧腹面有多列发光颗粒，体型接近长方形且侧扁，体长约30厘米左右，头大而侧扁，吻圆钝，眼间隔宽而稍隆凸，前鳃盖骨边缘有细小的锯齿，鳃盖骨后端有一扁棘，体背侧为灰黄色，头部除头顶后部外皆被圆鳞，体侧前1/3被圆鳞外，余被栉鳞。
深海黄花鱼体延长，侧扁，体侧腹部有多列发光颗粒，形状和大黄花鱼相近但较小，体长约20厘米，背鳍的起点与胸鳍的起点相对应，腹鳍稍短于胸鳍，体背侧灰褐色，两侧及腹侧为黄色，背鳍边缘灰褐色，头部及体侧前部被圆鳞，体侧后部被栉鳞，背鳍软条部和臀鳍2/3以上皆有小圆鳞，尾鳍布满小圆鳞。
2、分布范围不同
淡水黄花鱼分布于西北太平洋区，包括日本、中国、越南沿海、韩国，在中国分布于黄海南部、东海
深海黄花鱼分布于西北太平洋区，包括中国、朝鲜、韩国沿海，在中国分布于渤海、东海及黄海南部，冬季在东海分布范围，南界约在北纬26°，东界约在东经126°30′。
