毛巾卷可以冷藏保存，也可以冷冻保存。做好以后的毛巾卷建议是冷藏保存，但要在当天食用完毕，口感是比较软糯香甜的如果短期内不食用的话，就可以选择冷冻保存，只是冷冻以后的毛巾卷口感会更像冰淇淋，跟原本的风味会出现差异，因此可以根据自己喜欢的口感去选择如何保存毛巾卷。
放冰箱最多可以保存3天左右。但要尽量食用，时间太长会变质，开启了以后容易沾上细菌，导致变质。剪下一块保鲜膜，盖在瓶口，再把盖子拧紧，瓶子放在阴凉的地方，能坚持一阵子，但是还是要尽快吃，剩的越少坏的就越快。
