秋、冬两季以地上部分枯萎或生长停顿至萌芽前采收为佳，挖取根茎。
除去叶及须根，洗净泥土，选择空旷通风、地面平坦的地方，将药材直接铺于地上，或席、帘、箕、箔等盛具中，直接暴晒至干。
种植石菖蒲要两三年以后才有收获。栽后生长期注意拔除根部杂草，松土和浇水，切忌干旱。并追施人粪尿2次。以氮肥为主，适当增加磷钾肥。在每次收获后，对保留的一小部分植株，稍加管理，2-3年后又可收获。
