1、危害的作物不同：
桔小实蝇主要危害葫芦科植物，比如黄瓜
而果实蝇会危害200多种瓜果蔬菜，比如杨桃、青枣、枇杷、芒果等。
2、分布的地区不同：
桔小实蝇广泛分布在温带、亚热带、热带的30多个国家和地区
而果实蝇主要分布在亚洲热带、亚热带、暖温带以及澳大利亚和南太平洋地区，也有少数分布在非洲南部。
