与那国岛属于热帯雨林气候。
最冷月平均气温18.2℃（1月），干燥限界612mm<年平均降水量2363.5mm最少雨月降水量153.7mm（3月），年平均气温23.9℃，年降雨量约3000mm该岛附近海域水温较高，表层海水温度四季平均值为：冬季（1～3月，四季顺序与分划下同）24℃，春季（4～6月）26℃，夏季（7～9月）29℃，秋季（10～12月）26 ℃。100米深度海水温度分别为为：22℃，23℃，24～25℃，23～23℃。
由于岛上全年吹着强劲的南风，使南部海岸侵蚀较为明显，多为悬崖绝壁。
