最好不要同时加，在使用硝化细菌前，如果水十分混浊，可先用净水剂处理，待沉淀后用虹吸法吸去沉淀物，并用时先放置过液的水换去缸水的1/3，随后加入硝化细菌。 硝化细菌和净水剂所起的作用是完全不同的。净水剂是靠絮凝作用在很短的时间内，将悬浮颗粒吸附过来形成比较大的颗粒而沉淀，然后由水泵将其抽到过滤器中，达到澄清水质的作用。
这样的水虽然是清的，可是里面的氨氮却依然存在，对鱼的毒害作用依然存在，鱼该得病还得病。
而硝化细菌的作用却是将水中有毒的氨氮清除掉的，这样的水即使不那么清，但是鱼却不会因为氨中毒而得病或死亡。
