填海工程会破坏自然生态，出现盐碱化以及地表沉降，海水倒灌等危险。还会破坏海洋生态，影响水中的生物生活，不但生物不能生存，更大量出现赤潮的情况。
过度填海会使海港收窄，令水流更急，给船只航行带来危险。
对于直接把雨水排出大海的地区，填海令地下的雨水渠延长，造成排水能力减弱，就可能因为大雨造成内城街道水浸的危险。
严格来讲，什么工程都有危险，填海工程并不是其中最危险的，你运土倒在海中然后再对土进行处理，这个过程当然有危险，但没有非常特别的危险在内。
