主要在大小，形状，颜色，鲜香味四方面的区别。由于野生香菇在野外自然环境生长，所以采摘的大小不一，种植的大小均匀。野外香菇形状不一，伞貌裂纹少。种植的伞貌多呈规则的圆形壁厚有规则裂纹。野外香菇风吹日晒颜色较淡，种植香菇颜色鲜艳。最重要的区别野生香菇味道鲜度远高于种植香菇。
野生蘑菇是原生态的蘑菇子实体，而家养的蘑菇则是通过驯化栽培的子实体，这就是两者之间的区别。另外，野生蘑菇很多的品种是不可以实现栽培的，因为需要特殊的生态环境和寄生寄主。而家养的蘑菇一般是通过人工环境来仿野生栽培的。
