结构不同，作用不同。滤纸是用来过滤液体中不溶物的，从大小来说有各种规格，从分析化学来分有定性滤纸和定量滤纸之分。
在滤纸的构成材料中有很多的毛细滤管，这些毛细滤管可以使水(或其他溶剂)通过，比较大颗粒的不溶物则不能通过，达到过滤分离的目的。
吸水纸就是一些可以吸附水份的纤维做成的，没有过滤功能。
定性滤纸的作用是过滤，想提纯食盐的食盐里就会用到。
吸水纸是用来拭去多余的水分的，在做装片的染色时就会用到。
一般的纸都有吸水作用，滤纸可以用来吸水，但是浪费。吸水纸是绝对不能用来做过滤实验的。
