如果是食用宰杀的处理：
烫杀！按要宰杀娃娃鱼大小准备适合的钢桶，先将90度的水准备半桶，备盖，再将娃娃鱼猛然置于桶中马上盖盖子，约15分钟后，娃娃鱼不在动，用毛巾包住头部，取出刮洗表皮粘液，至表面干净无米粒状颗粒为止，再剖开肚子，出去内脏。
如果是养殖清理：那是水霉，由于运输搬动或者受惊吓导致了体表黏液层被破坏，让水霉菌趁机入侵。用毛刷等柔软工具清除大鲵体表上寄生的水霉菌，再将池水放干，让娃娃鱼在无水状态下保持30分钟。
