区别如下：
第一，名称不一样，分别是双链季铵盐和单链季铵盐
第二，消毒的功能不一样，双链季铵盐是一种毒性低，消毒功能强，广谱的消毒剂，特别对病毒具有良好的消毒作用，单链季铵盐和双链的差不多，但是毒性可能比较高。
季铵盐有两类，性能差异很大。一类叫“单链季铵盐”，典型如苯扎氯铵，研究表明，从消毒学功能分类上从属于低水平消毒剂，通常不用于杀灭病毒。
另一类叫“双链季铵盐”，典型如双癸基二甲基氯化铵，双癸基二甲基溴化铵。从消毒学功能分类上属于中水平消毒剂，是广谱的病毒消毒成分。
双链与单链季铵盐消毒剂杀菌机理基本相似，具有更好的表面活性作用，增加消毒剂在细菌表面的吸附能力，从而改变膜的渗透性，不同在于双链季铵盐可以干扰核酸和蛋白质的合成。季铵盐消毒剂刺激性低、水溶性好且无刺激性气味，使用方便、性质稳定，广泛应用于家居、医院、食品工业、水处理等行业。
