1、叶子不同：菩提树是一回或不完全的二回羽状复叶，而无患子是一回偶数羽状复叶，小叶无锯齿。
2、果实不同：菩提树是蒴果，无患子是核果。
3、维管束痕不同：菩提树的维管束痕呈散生状，无患子的维管束痕分成3组。
4、花朵不同：菩提树的花是金黄色的，无患子的花略带淡黄色。
