鹤顶红金鱼繁殖在每年3月份开始，挑选雌鱼2—3龄，雄鱼1—2龄，雌雄比例1:1.2佳，头顶有红色的方正肉瘤的正品为上选，其它如黄、白色的不规则次品一般不选。
投饵量随着天气的变暖逐渐增多，通常需1个月的时间，性腺才基本发育成熟。 4月中上旬即可从培育池挑选出性腺发育良好，腹部柔软富有弹性，身体呈椭圆形，生殖器微红外翻的雌鱼做母本，进行金鱼繁殖，体健、鳃盖鳍条富有追星的雄鱼做父本。 人工催产一般选在4月中旬，水温25度为宜，采用一次性胸鳍注射法。雌鱼每100g剂量为促黄体释放激素类似物(LRH—A2)1—2ug，雄鱼减半。注射时间选在凌晨前后，疚时间为18—20小时。
理论上来讲，鹤顶红金鱼是可以自己进行自然繁殖的。每年的四到七月份是它们的发情期和产卵期。如果环境适宜，它们可以在同一年内多次繁殖。
在鹤顶红金鱼进入繁殖期后，可以发现雄鱼身上出现极为明显的追星，也就是在胸鳍处出现小白点。因此可以由此来分辨自己鱼缸内的雌雄鱼数量。但是需要注意的是，这种自然繁殖的方式受精率并不高，并且容易给成鱼带来伤害。
