芭蕉树不分公母，为雌雄同株植物。
芭蕉树的雌蕊与雄蕊分在两种（朵）花上，属于雌雄同株植物中的单性花。芭蕉蕉一般在抽蕾以后，会由上自下依次形成雌花、中性花和雄花，雌、雄花均为顶生和腋生，多个小花呈聚伞圆锥状排列。雄花外侧是苞片，每朵雄花上着生150–200个雄蕊，花轴基部着生少数退化的叶原体。苞片原基及其腋生的花原基最初呈圆丘状，随后伸长。在雄花发育过程中，苞片原基比雄蕊原基生长快，雄花原基纵向伸长，叶原体原基在基部发生，雄蕊原基自下而上发生。在雌花发育过程中，雌花原基比苞片原基生长快，花被原基首先于花顶端发生，随后花顶端中心凹陷，进一步发育成具有单心皮的子房原基。只有雌花能发育成果段，结出芭蕉。
