1、性质不同：盐酸氨基葡萄糖是通过刺激粘多糖的生化合成及增加量骨骼钙质的摄取，提高骨与软骨组织的代谢功能与营养。硫酸氨基葡萄糖为天然的氨基单糖，是人体关节软骨基质中合成蛋白聚糖所必需的重要成分。
2、特点不同：硫酸氨基葡萄糖可刺激软骨细胞产生具有正常多聚体结构的糖蛋白，抑制某些可损害关节软骨的酶（如胶原酶和磷脂酶A2），抑制损伤细胞的超氧化物自由基的产生。盐酸氨基葡萄糖改善及增强滑膜液的粘稠度，增加滑膜液合成，提供关节润滑功能。
3、分子式不同：
盐酸氨基葡萄糖分子式为：C6H13N05· HCl。
硫酸氨基葡萄糖分子式为：C6H13NO5.H2SO4 。
