运输一般采用挑运。运输时应避高温。容器内可加入适量的水，放人数量以不相互叠压为原则，为避免成体吞吃幼苗，不要将两者混放一起。
娃娃鱼运输鱼从选鱼、装箱再到充气。虽然看上去很简单，但在运输当中的条件却十分苛刻：鱼必须是要生态的或野生的，如果是“洗澡鱼”，体质不好就达不到这个运输和储存的要求。
娃娃鱼生命力强，耐饥饿，几个月不喂食也不致饿死。被捕捉后，如管理不善，往往不吃东西，甚至反吐，但如环境适宜，身体没有受伤，静养几天后，即可恢复采食。
