1、本质不同
植物酒曲，其本质之一就是粗酶制剂。但植物酒曲的最大缺点是酶活较低。现代，由于酶制剂工业的发展，在酒的生产过程中，适当加入一部分酶制剂以代替部分植物酒曲。
甜酒曲为糖化菌及酵母制剂，其所含的微生物主要有根霉、毛霉及少量酵母。
2、发酵过程不同
植物酒曲，在经过强烈蒸煮的白米中，移入曲霉的分生孢子，然后保温，米粒上便会茂盛地生长出菌丝，此即酒曲。曲霉产生的淀粉酶会糖化米里面的淀粉，因此，自古以来就有把它和麦芽同时作为原料糖，用来制造酒、甜酒和豆酱等。用麦类代替米者称麦曲。
甜酒曲，在发酵过程中糖化菌首先将糯米中的淀粉分解成葡萄糖，蛋白质分解成氨基酸，接着少量的酵母又将葡糖糖经糖酵解途径转化成酒精。这样就制成了香甜可口、营养丰富的甜酒酿
3、用途不同
现代酒曲仍广泛用于黄酒，白酒等的酿造。在生产技术上，由于对微生物及酿酒理论知识的掌握，酒曲的发展跃上了一个新台阶。原始的酒曲是发霉或发芽的谷物，人们加以改良，就制成了适于酿酒的酒曲。
