可以用适量的有机溶剂润洗一下层析柱，柱子体积较小的话就用玻璃棒搅匀排除一下气泡。
不管是干柱和湿柱，都要加层析液，不能要求一开始就没有气泡的。要用洗脱剂不停的洗脱，就是用配置好的试剂一边一边对柱子进行洗脱，这样不但可以消除气泡，还可以使硅胶充分沉降，让层析效果更好。等柱子没有气泡后在上样用洗脱液进行层析。
处理方法如下
1、空气进入层析柱（如：缓冲液走空，连接层析柱进入系统过程中等）用纯水反向冲洗层析柱（如有柱位阀可直接切换流向，没有的话可将柱子反接 对于大多数层析柱来说可用乙醇冲洗，以提高排除气泡的效率
2、缓冲液中有气泡采取预防措施将缓冲液脱气 在缓冲液入口使用空气感应器 使用限流阀
3、温度影响（在冷室操作后紧接着在室温操作或低温缓冲液直接在室温使用）采取预防措施允许缓冲液在使用前达到热平衡 “ 层析柱干了还可以再使用吗
