李贽以孔孟传统儒学的“异端”而自居，对封建社会的男尊女卑、重农抑商、假道学、社会腐败、贪官污吏，大加痛斥批判，主张“革故鼎新”，反对思想禁锢。
李贽对被封建统治者奉为金科玉律的儒家经典和孔孟之学进行抨击，对儒家经典的《六经》、《论语》、《孟子》表示了极大的轻蔑，认为这些不都是圣人之言，是经过后人吹捧拔高形成的，不能当做万年不变的真理。这些著作是当时懵懂弟子，迂阔门徒随笔记录，大半非圣人之言，即使是圣人之言，也只是一时所发之药石，不能成为“万事之言论”。
李贽否认儒家的正统地位，否定孔孟学说是“道冠古今”的“万世至论”，认为不能将其当做教条而随便套用。《六经》、《论语》、《孟子》“乃道学之口实，假人之渊薮”。李贽对孔子及孔孟之道的批判确已达到了“非圣无法”的地步。
针对明王朝的腐败政治，李贽提出了“至道无为、至治无声、至教无言” 的政治理想。他认为人类社会之所以常常发生动乱，是统治者对社会生活干涉的结果。他理想的“至人之治” 则是“因乎人者也”，顺乎自然，顺乎世俗民情，即“因其政不易其俗，顺其性不拂其能”，对人类的社会生活不干涉或少干涉。
对封建统治者残酷压榨鱼肉人民的暴行，李贽更加以无情揭露。他借汉宣城郡守封邵化虎食民的神话传说，指斥当权的官吏是“冠裳而吃人”的虎狼，“昔日虎伏草，今日虎坐衙。大则吞人畜，小不遗鱼虾。”在《焚书》中，他还借评点《水浒》，发泄对现实政治的强烈不满。
李贽将拯黎民于水火，探求一条益国利民的道路，把目光投向了封建统治阶级上层，希望“有一个半个怜才者”出现，使“大力大贤”的有才之士“得以效用，彼必杀身图报，不肯忘恩”。
