有机物的发酵类型分为两种，一种是好氧发酵，另一种是厌氧发酵。好氧发酵主要是通过微生物的有氧呼吸，厌氧是在氧气少的环境中进行有机物的发酵。
好氧发酵的优点
①发酵速度快，可以充分利用物料中的无机氮源，如尿素、硫酸铵等来合成菌体蛋白，有利于提高真蛋白质的含量，但提高量不大，一般可以提高5%左右。
②可以更好的产生生物活性物质，如维生素、酶、未知生长因子，并促进了物料的分解利用。
③微生物繁殖速度也更快，生成的益生菌数量更多。
④好氧发酵可以生产高附加值的产品，如液体深层搅拌发酵生产液体酶制剂、生产抗生素、高价值益生菌、单项维生素。
