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一、性质不同
1、异构烷烃：骨架含有碳支链的有机物。
2、正构烷烃：没有碳支链的饱和烃。
二、物理化学性质不同
1、异构烷烃：石油中的大部分同分异构烷烃形成于干酪根中脂肪族结构的热分解产生的主要生油区。此时，生成了饱和烃和不饱和烃。通过一系列催化反应，生成的烷烃转化为异烷烃。异烷烃也可以由甾体烃的烷基侧链断裂产生。
2、正构烷烃：有机化学反应主要发生在官能团上，官能团对有机物的性质起决定作用，-X、-OH、-CHO、-COOH、-NO₂、-SO₃H、-NH₂、RCO-，这些官能团决定有机化合物中卤代烃、醇或酚、醛、羧酸、硝基化合物或亚硝酸酯、磺酸类有机物、胺类、酰胺类的化学性质。
