1、细菌的种类不同：
硝化细菌是好氧性细菌，而全菌（多维菌以下同）是厌氧性细菌。
2、细菌的芽孢不同：
硝化细菌均为无芽孢的革兰氏阴性菌，全菌是一类没有形成芽孢能力的革兰氏阴性菌
3、生存环境不同：
硝化细菌生活在有氧的水中或砂层中，最适宜在弱碱性的水中生活，在温度达到25度左右时生长繁殖最快。
全菌分布于水生环境中光线能透射到的缺氧区，以光作为能源，能在厌氧光照或好氧黑暗条件下进行光合作用，在ph值8.2-8.6的水质中最具效果。
