曲窖酒和曲酒都是用酒曲（也就是酒药）发酵而酿的酒，曲窖酒是经过窖藏的酒，而曲酒是没有经过窖藏的酒，简单的说就是刚刚酿造出来的酒
曲酒是没有经过窖藏而直接岀售，口感照曲窖酒经过多年窖藏耐曲窖酒差多了。曲酒光有酒曲的香，而曲窖酒不但有曲香而还有浓浓的窖香的味道。
1、发酵菌种不同：
曲酒是利用谷物发芽时产生的酶将原料本身糖化成糖份，再用酵母菌将糖份转变成酒精。
曲窖酒的生成，曲窖酒生产是自然条件下的生物酶制过程，是益生菌类代谢平衡与酿酒工艺的完美结合，是粮食经发酵转化成的饮料食品，老窖发酵”和“陈酿贮存”是曲窖酒最重要的工艺环节。
2、分类不同
曲酒分为三种，大曲酒、小曲酒和麸曲酒。
大曲酒，以大曲为糖化发酵剂，大曲的原料主要是小麦、大麦，加上一定数量的豌豆。一般是固态发酵，大曲酒所酿的酒质量较好，多数名优酒均以大曲酿成。
小曲酒，是以稻米为原料制成的，多采用半固态发酵，南方的白酒多是小曲酒。
麸曲酒，以纯培养的曲霉菌及纯培养的酒母作为糖化、发酵剂，发酵时间较短，由于生产成本较低，为多数酒厂为采用，此种类型的酒产量最大。以大众为消费对象。
窖酒分为两种，合成窖酒、调和窖酒。
合成窖酒，是酒精、香精和水的合成液体。
调和窖酒，是酿造基酒、酒精、香精和水的混合液体。曲酶转化蒸馏白酒，是经发酵、蒸馏酿造工艺凝成的酒液。
