面巾纸和卫生纸在品质上主要区别在于：面巾纸一般具有湿韧强度（一种代表纸张在完全润湿状态下的韧性指标）。卫生纸则一般不允许具有湿韧性，以防止在使用后纸张不易分解而堵塞卫生化粪池。
卫生纸主要针对在卫生间如厕后清洁使用，而其他用来清洁脸、手等人体部位均使用面巾纸，故较重视触感。面巾纸的产品标准是GB/T20808—2006《纸巾纸（含湿巾）》，是参考食品标准建立的而卫生纸的产品标准是GB20810—2006《卫生纸（含卫生纸原纸）》。两者卫生标准均可依据GB15979《一次性使用卫生用品卫生标准》。
